A mexikói zapatista területeken szervezte meg az EZLN gerilla szervezet a jó kormányzat tanácsait (spanyolul: Juntas de Buen Gobierno).
A mexikói Chiapas tartományból kivonult a mexikói hadsereg, amikor is 1994. január elsején a zapatisták átvették a hatalmat. Az EZLN ezután megkezdte az autonóm közösségek szervezését, az ősi bennszülött önigazgatás alapján. Ezekben a közösségekben helyi képviselők megalakítják a Jó Kormányzat Tanácsait. Ezekhez semmi köze sincs a szövetségi és az állami kormányzatoknak; a tanácsok felügyelik azokat a helyi közösségi programokat, amelyek az élelmiszerrel, egészségüggyel, oktatással és adóztatással foglalkoznak.
2004 tájékán Subcomandante Marcos, az EZLN szóvivője számos kommünikét adott ki, melyek bejárták a világot. Ezek fő témája a Jó Kormányzati Tanácsokról szólt, illetve a zapatisták viszonyához a világ más részeihez való viszonyához. A Jó Kormányzati Tanácsok elnevezéssel ellentétes a szövetségi kormányzatra használt Rossz Kormányzattal, amellyel ezek a tanácsok szemben helyezkednek el. Számos ilyen testület létezik szerte Chiapasban, mindegyik a Zapatista irányelvek szerint jár el, de saját független döntéseket hozhatnak. A tanácsok nem feltétlenül csak alkalmazkodnak a zapatistákhoz, de a támogatóik és szövetségeseik is.
A Jó Kormányzat Tanácsai szintén a váltogatós módszert alkalmazzák, a tanács tagjai két hétig vannak a pozíciójukban, utána egy új tanács kerül megválasztásra. Ezt azért léptették életbe, hogy biztosítsák, hogy egyetlen politikai szereplő se lehessen korrupt, vagy kerülhessen külső erők befolyása alá.
A szövetségi kormányzat nem törődik velük, amíg kevesen vannak és az állam távoli részeire szorulnak ki.
A Tanácsok megalkották a saját törvényeiket és be is tartatják, szükség esetén olykor büntetést is foganatosítanak a közösség-alapú rendszer irányelvei alapján. A Jó Kormányzati Tanácsok szigorú korlátozást vezettek be a drog- és emberkereskedelem ellen. Számos rendfenntartó csoport ellenőrzi a gyanús embereket és járműveket, hogy megelőzzék ezeket a bűncselekményeket. A tetteseket első alkalommal általában figyelmeztetik, és csak akkor büntetnek, ha többször fordul elő, vagy átadják az illetékes hatóságoknak, ha nem zapatista körzetek lakói. A embercsempészek sokszor azzal hitegetik az embereket, hogy az Egyesült Államokba viszik őket, de sokszor csak megölik őket. Ha a zapatisták ezeket a csempészeket elfogják, az áldozataiknak a Jó Kormányzat Tanácsok viselik gondját, többek között megkapják a csempészek pénzét és értékeit. A csempészt először itt is csak figyelmeztetik, de visszaesés esetén büntetést kap, ha zapatista, vagy átadják a hatóságoknak, ha nem. Bármilyen drogot megsemmisítenek, a büntetés pedig hasonló, mint az eddigiekben.
A Jó Kormányzati Tanácsok mindenhol fejlődnek, és sikeresek a zapatista ideológia alkalmazásában, azokon a korlátozott méretű területeken, ahol befolyásuk van.